Studiare una materia scolastica in una lingua diversa dalla materna (in lingua seconda o L2) è un'attività complessa cognitivamente e linguisticamente. Lo sforzo di sistematizzare ed elaborare le nozioni e le informazioni nuove si sovrappone a quello di comprendere, elaborare, acquisire e riutilizzare le strutture grammaticali, lessicali e testuali dell'italiano. Occorre poi sviluppare la capacità di padroneggiare più registri e varietà, almeno nella ricezione se non nella produzione della lingua: da una lingua colloquiale richiesta nell'interazione tra compagni e compagne, ad esempio in un lavoro di gruppo, a quella più formale dell'insegnante fino a quella altamente formale dei manuali e delle prove d'esame; dalla lingua dell'uso quotidiano alle lingue specialistiche delle materie; dalla lingua parlata delle attività in classe alla lingua scritta dei materiali di studio e dei manuali. Sono varie e numerose, infine, le azioni che l'allievo e l'allieva svolge, linguisticamente, mentre studia: ascoltare la spiegazione dell'insegnante, prendere appunti, leggere un manuale, interagire oralmente in un dialogo durante la lezione oppure in un'interrogazione, parafrasare un testo, riassumere e molte altre ancora.
Allieve e allievi non di madrelingua italiana non sono un gruppo omogeneo e compatto, e non solo per le individualità di ciascuna e ciascuno. Chi definisce il programma di studio e predispone i materiali didattici deve tenere conto di variabili che influiscono sull'efficacia dell'insegnamento/apprendimento. Si deve chiedere, per esempio, quanto i ragazzi e le ragazze a cui insegna già conoscono l'italiano, quanto già sanno della materia di studio, e quindi quanto grave è il carico di nuovi concetti e informazioni da elaborare in L2, quali sono le loro lingue madri, in quali contesti linguistico - culturali è avvenuta la precedente scolarizzazione, quanto sono loro familiari il sistema pedagogico e i programmi di insegnamento delle scuole italiane.
Il Protocollo di accoglienza rappresenta uno strumento per facilitare il primo contatto delle allieve e degli allievi straniere con la scuola e a
La complessità dell'obiettivo - studiare in lingua italiana - e l'eterogeneità dei bisogni formativi espressi dai singoli allievi e allieve impongono una didattica dell'italiano L2 per lo studio articolata e flessibile e sollecitano la domanda di materiali didattici diversificati.
Lilis - Laboratorio informatico di lingua italiana per lo studio  affronta uno dei nodi dell'italiano L2 in ambito scolastico: lo studio dei manuali.
I manuali spesso appaiono poco "leggibili", sia per la densità informativa e l'astrattezza concettuale, sia per le difficoltà di ordine lessicale, sintattico e testuali. La lettura, la comprensione e l'apprendimento di una pagina di un manuale, di storia, di geografia, di scienze naturali o di altre materie è l'obiettivo finale di Lilis. Ad esso si arriva attraverso percorsi di accesso che affrontano di volta in volta possibili difficoltà di ordine concettuale o linguistico. La facilitazione, in altri termini, riguarda diversi piani: il piano dei contenuti del testo, quello della loro organizzazione nella struttura informativa che il testo presenta, quello delle forme linguistiche. Si sono prese in considerazione, inoltre, le operazioni cognitive e linguistiche che attorno al testo fa chi studia in modo efficace: selezione, gerarchizzazione e riorganizzazione delle informazioni, controllo lessicale e studio delle parole nuove, rilettura e scansione di passaggi complessi sintatticamente, parafrasi, riassunto, confronto tra le informazioni ricevute da altre fonti (in primo luogo la spiegazione dell'insegnante a lezione), confronto tra le conoscenze già possedute e le nuove conoscenze acquisite nel testo. I percorsi creano una base di pre-conoscenze, disciplinari e linguistiche, che riducono lo scarto tra ciò che l'allievo e l'allieva conosce e il nuovo che deve imparare. In altri termini riducono la distanza tra già conosciuto e nuovo a quella misura che è la condizione perché ci possa essere nuovo apprendimento.
Poiché si tratta di materiali per lo studio dell'italiano come lingua seconda, l'attenzione è in primo luogo sulle caratteristiche linguistiche dei manuali, sugli aspetti sintattici e lessicali che li caratterizzano, come ad esempio l'uso di particolari locuzioni che appartengono ai registri formali della lingua (si situa, risale a ed altre simili). La finalità è quella di fornire ad allieve e allievi strumenti, sia linguistici che operativi, che li rendano autonomi nello studio. Agli insegnanti e alle insegnanti si propone un modello di percorso didattico che tiene conto delle esperienze e riflessioni teoriche condotte in questi anni nell'insegnamento dell'italiano lingua seconda, ed anche nell'ancora più lunga riflessione sull'educazione linguistica in lingua prima.
Lingua seconda e lingua prima (l'italiano per gli italiani), lingua per la socializzazione e lingua per lo studio non rappresentano opposizioni polari: rappresentano due assi lungo i quali si dispongono, in continuità, i livelli di conoscenza della lingua che ciascuno, o ciascuna, ha e le situazioni in cui utilizza la lingua italiana. Tenerlo a mente aiuta a superare l'opposizione allievi italiani/allievi stranieri: vengono in primo piano piuttosto configurazioni di volta in volta definite di bisogni linguistici. La lingua e la struttura testuale di alcuni manuali per la scuola rappresentano un ostacolo anche per alcuni ragazzi e ragazze di madre lingua italiana che, per i più diversi motivi, hanno una conoscenza della lingua materna limitata ai soli registri familiari e colloquiali. Per la flessibilità consentita dalla struttura ipertestuale, Lilis può essere utilizzato in risposta a diverse esigenze formative.